V případě škol malotřídních je situace podobná. Do druhého ročníku žáci dostávají vysvědčení v podobě slovního hodnocení, starší ročníky pak dostávají vysvědčení s běžnou klasifikací, která je ale doplněna o tzv. školní formulář, kde je napsáno i slovní hodnocení. V rámci výuky pak učitelé hodnotí např. ústní prezentaci, skupinovou práci apod.

V malotřídkách se můžeme setkat i se sebehodnocením žáků. To je prezentováno formou portfolia či zápisníků, které si tvoří sami žáci a kam si zaznamenávají svou práci, kterou zároveň i hodnotí. Taková forma sebehodnocení je prospěšná nejen pro děti, ale i pro rodiče a učitele, kteří tak vidí všechnu práci dětí za školní rok na jednom místě a mohou tak zaregistrovat jejich progres např. v psaní, stylistické stránce aj.

Novým způsobem hodnocení v malotřídkách je vzájemné hodnocení žáků, při němž děti hodnotí práci svých spolužáků. To probíhá ústní či psanou formou. Při tomto typu hodnocení žáci rozvíjí nejen své postoje, ale i klíčové kompetence. Pro to, aby hodnocení bylo efektivní, je potřeba si stanovit pravidla. Ty určuje buď pedagog sám, společně s dětmi nebo děti samy.